| 1 | Mekių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 38 676 | 44 | 6 | |
| 2 | Daukšių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 24 660 | 0 | — | |
| 3 | Mindaugių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 21 089 | 0 | — | |
| 4 | Asociacija "Pošupių kaimo bendruomenė" | Joniškio r. sav. | 19 883 | 0 | — | |
| 5 | Bendruomenė "Beržininkai" | Joniškio r. sav. | 14 965 | 14 178 | — | |
| 6 | VšĮ "Minčių takas" | Joniškio r. sav. | 11 896 | −2 501 | 2 | |
| 7 | Asociacija "Gasčiūnų kaimo bendruomenė" | Joniškio r. sav. | 10 872 | 0 | 1 | |
| 8 | Rudiškių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 10 414 | 0 | — | |
| 9 | Žagarės neįgaliųjų klubas "Vyšnelė" | Joniškio r. sav. | 8 444 | 197 | 1 | |
| 10 | Linkaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 8 290 | 0 | — | |
| 11 | Bariūnų kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 7 243 | −5 871 | — | |
| 12 | Skaistgirio miestelio bendruomenė | Joniškio r. sav. | 7 007 | 0 | — | |
| 13 | Kepalių kaimo bendruomenė "Ašvinė" | Joniškio r. sav. | 6 954 | −2 103 | — | |
| 14 | Joniškio bitininkų draugija | Joniškio r. sav. | 6 771 | 0 | — | |
| 15 | Joniškio rajono kaimo bendruomenių sąjunga | Joniškio r. sav. | 6 035 | 0 | — | |
| 16 | Žagarės bendruomenė "VEIDĖ" | Joniškio r. sav. | 3 694 | 661 | — | |
| 17 | VšĮ "Laisvė būti" | Joniškio r. sav. | 3 629 | 1 | 1 | |
| 18 | Mikolaičiūnų kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 3 211 | 0 | — | |
| 19 | Drąsutaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 3 072 | 0 | — | |
| 20 | Lieporų kaimo bendruomenė "Sodžius" | Joniškio r. sav. | 2 606 | 0 | — | |
| 21 | Ziniūnų kaimo bendruomenė "Obelėlė" | Joniškio r. sav. | 2 572 | 0 | — | |
| 22 | Kriukų kaimo bendruomenė "Šešėvė" | Joniškio r. sav. | 2 550 | 0 | — | |
| 23 | Ramoškių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 2 450 | 0 | — | |
| 24 | Kalnelio kaimo bendruomenė "Sidabrė" | Joniškio r. sav. | 2 423 | 0 | — | |
| 25 | Satkūnų kaimo bendruomenė "Gija" | Joniškio r. sav. | 2 127 | 33 | — | |
| 26 | Maldenių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 2 049 | 0 | — | |
| 27 | Stungių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 2 010 | 0 | — | |
| 28 | Bendruomenė "Kaimo pakraštys" | Joniškio r. sav. | 1 638 | 0 | — | |
| 29 | Reibinių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 1 486 | 0 | — | |
| 30 | Teigiamų emocijų klubas "Judu vadinasi gyvenu" | Joniškio r. sav. | 1 481 | 0 | — | |
| 31 | Melioracijos sistemų naudotojų asociacija "Ašvinė" | Joniškio r. sav. | 1 208 | 44 | — | |
| 32 | Jankūnų kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 1 174 | −46 | — | |
| 33 | Kirnaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 1 017 | 0 | — | |
| 34 | Gaižaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 1 003 | 0 | — | |
| 35 | Žagarės miesto bendruomenė "ŽAGARĖ" | Joniškio r. sav. | 930 | 0 | — | |
| 36 | Žvelgaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 850 | 0 | — | |
| 37 | Skakų kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 744 | 0 | — | |
| 38 | Jurdaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 721 | −308 | — | |
| 39 | Jakiškių-Maironių kaimų bendruomenė | Joniškio r. sav. | 621 | 0 | — | |
| 40 | Darginių kaimo bendruomenė "Šilas" | Joniškio r. sav. | 612 | 0 | — | |
| 41 | Lankaičių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 530 | 0 | — | |
| 42 | Joniškio rajono tinklinio sporto klubas "Ąžuolas" | Joniškio r. sav. | 388 | 0 | — | |
| 43 | Bučiūnų kaimo bendruomenė "Lagūna" | Joniškio r. sav. | 332 | 0 | — | |
| 44 | Alsių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 308 | 0 | — | |
| 45 | Moterų klubas "ERIM" | Joniškio r. sav. | 262 | 0 | — | |
| 46 | Asociacija "Jauniūnų kaimo bendruomenė" | Joniškio r. sav. | 200 | 0 | — | |
| 47 | Visuomeninė organizacija "Spalvotas veidas" | Joniškio r. sav. | 127 | −8 | — | |
| 48 | Žagarės automobilių sporto klubas | Joniškio r. sav. | 120 | 37 | — | |
| 49 | Jaunimo klubas "ATEINAM" | Joniškio r. sav. | 81 | 0 | — | |
| 50 | Skaistgirio miestelio futbolo klubas "Skaistgirys" | Joniškio r. sav. | 73 | 0 | — | |
| 51 | Skaistgirio jaunimo klubas "SJK" | Joniškio r. sav. | 64 | 0 | — | |
| 52 | Bertaučių kaimo bendruomenė "Platonis" | Joniškio r. sav. | 54 | 0 | — | |
| 53 | Stupurų kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 0 | −7 029 | — | |
| 54 | Žiurių kaimo bendruomenė | Joniškio r. sav. | 0 | 0 | — | |
| 55 | Asociacija "Gataučių bendruomenė" | Joniškio r. sav. | 0 | −3 383 | — | |
| 56 | Asociacija "Žagariečiai" | Joniškio r. sav. | 0 | 0 | — | |
| 57 | Joniškio rajono Kirnaičių kadastro vietovės melioracijos sistemų naudotojų asociacija | Joniškio r. sav. | 0 | 0 | — | |
| 58 | Asociacija "Žalias parkas" | Joniškio r. sav. | 0 | 0 | — | |
| 59 | Joniškio rajono jaunimo asociacija "JAUNIMO IMPERIJA" | Joniškio r. sav. | 0 | 0 | — | |
| 60 | Satkūnų melioracijos statinių naudotojų asociacija | Joniškio r. sav. | 0 | −4 622 | — | |
| 61 | Drąsutaičių melioracijos sistemų naudotojų asociacija | Joniškio r. sav. | 0 | −48 | — | |
| 62 | Asociacija "Lataičių melioracija" | Joniškio r. sav. | 0 | −158 | — | |
